生殖器疱疹的治疗主要有抗病毒治疗和局部治疗。
（1）病毒治疗
1） 原发感染：阿昔洛韦0.2 g，5 次/d；法昔洛韦0.3g，2 次/d；泛昔洛韦0. 25 g,3 次/d，连用7～10 d。
2）复发感染：好在出现前驱症状或损害出现24h内开始治疗，疗程5 d。
3）频繁复发患者（1年复发6次以上），为减少复发次数，可用抑制疗法：阿昔洛韦0.4 g，2 次/d;或法昔洛韦0. 3 g，l 次/d；或泛昔洛韦0. 125～0. 25 g，2 次/d，连用4个月～1年。
4） 原发感染症状严重或皮损广泛者可用阿昔洛韦5~10 mg/kg体重，静脉点滴，每8小时1 次，连用5~7 d或直至临床症状消退。
（2）局部治疗
保持患处清洁、干燥。皮损处可外用3％阿昔洛韦霜、1％喷昔洛韦乳膏和肽丁胺霜等。
（3）预防
开展卫生宣教，将生殖器疱疹的防治知识告诉患者，提倡使用避孕套，避免无保护的性接触。早期妊娠患原发性生殖器疱疹，胎儿有被感染的可能，但不是中止妊娠的绝对指征，确定诊断后，可根据孕妇的意愿做出是否中止妊娠的决定，分娩时只要无活动性损害即可经阴道分娩；若有活动性损害，羊膜已破，应进行破宫产。新生儿经产道分娩而无症状者，不主张作预防性治疗，若有临床症状或产后病毒培养阳性，应进行阿昔洛韦治疗，10 mg/kg 体重，8 小时1 次，缓慢静滴（>1 h），共10 d。
