一般认为是由于肝脏外界环境中的各种有害因素(主要是化学致癌物)和体内某些致癌物的长期作用，使肝细胞<或胆管细胞等>发生过度增生，导致正常结构遭受破坏而形成的一种恶性肿瘤。根据国内外大量研究资料分析，认为其发生的原因主要有以下几种：
(1)病毒性肝炎：主要是乙型与丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝与乙肝病毒携带者。
(2)黄曲霉毒素(AFT)：黄曲霉毒素为重要的致癌物质，长期食用含此毒素的食物可诱发肝癌。
(3)水源污染：饮用水质的严重污染，是肝癌发生的重要诱因之一。
(4)化学致癌物质：能引起肝癌的化学物质以亚硝基化合物为主，如亚硝胺和亚硝酰胺等。此外，农药、酒精、黄樟索等亦均能诱发肝癌。
(5)其他因素：营养过剩<大量营养京)或营养缺乏(如维生素A、维生素B缺乏)、血色病、寄生虫感染及遗传等，也是诱发肝癌的危险因素。
(6)免疫状态：有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，甲胎蛋白(AFP)就饱抑制淋巴细胞和巨噬细胞的吞噬作用。
(7)基因突变：近年来，还有人认为，环境中的突变原和病毒作用激发肝细胞分裂反应途径的活化，引起细胞的点突变和基因易位，是细胞增殖的可能因素。
此外，肝癌的发生还与非血红蛋白的核蛋白对细胞周期的调控失常，以及细胞内外因素如激素、多肽、生长因子及多胺等有关。
多项研究表明，肝炎和肝癌关系密切.从流行病学的角度看，肝癌的高发国家或地区同时也是肝炎的高发区，而同一地区内，患肝炎的人群患肝癌的危险性比无肝炎的人群高得多，相反，无肝炎的人患肝癌的危险性极小。