具有典型尿路感染的临床表现和尿细菌学检查阳性者易于诊断，但不典型的尿路感染患者则容易被误诊。造成误诊的主要原因是未能及时进行实验室检查，主要应与尿道综合征、肾结核、肾小球疾病、前列腺炎、尿路结石、发热性疾病、腹部器官炎症等鉴别。
应与尿路感染相鉴别的疾病
发热性疾病：有部分急性尿路感染的病人以发热为主症，尿路刺激症状不明显，易与发热性疾病，如流感、上呼吸道感染、疟疾、败血症等混淆。应详细洵问病情，不疏漏尿路感染的局部症状，并及时查尿沉渣，甚至作尿细菌学检查，则鉴别诊断不难。
腹部器官炎症：有些尿路感染患者主要表现为腹痛、恶心、呕吐、发热、血白细胞数增高，易误诊为急性胃肠炎、阑尾炎、附件炎等，及时查尿，易于鉴别。
尿道综合征：在有尿道症状的妇女中，约70％的患者有脓尿和细菌尿，为真性尿路感染，而另外30％的患者，不是真正的尿路感染，而属于尿道综合征，临床上常常容易被误诊为尿路感染。
除此之外，尿路感染还应与肾结核、肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别。
