复发性生殖器疱疹通过抑制疗法能抑制复发，并有效促进皮损愈合和减少排毒。近年研究显示，免疫功能正常的生殖器疱疹患者对阿昔洛韦耐药率较低，免疫妥协或抑制患者，如人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者可检出阿昔洛韦的HSV耐药株。一般认为在免疫功能正常的患者，长期抑制疗法治疗复发性生殖器疱疹与HSV耐药的产生无关，在严重免疫功能缺陷者长期应用抑制疗法后如出现皮损不见改善者，应检测单纯疱疹病毒是否对抗病毒药物产生耐药。