单纯疱疹病毒颗粒通过微小裂隙进入皮肤黏膜上的角质形成细胞，病毒在细胞核内复制，并播散到周围的细胞，使感染的表皮细胞遭到破坏，引起表皮损伤。生殖器疱疹患者感染后，体内产生抗体，有些病毒被宿主的免疫反应过程所清除，但有些残存的病毒经周围神经轴索感染传入神经节而长期潜伏(HSV-l常在三叉神经根和颈上神经节内，HSV-2则常在骶神经根区)。通常病毒的基因组在神经细胞内保持静止不动，当外伤、感染、月经和受冷等刺激时，神经细胞出现病毒繁殖所需的特异性转录酶，促使病毒活动，并沿受累神经根下行返回至经常受累部位的皮肤黏膜处，临床表现复发。潜伏HSV可间歇性复活，因而患者终身有泌尿生殖道或肛门皮肤黏膜部位的间歇性HSV释放(排毒)。