生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒(HSV)感染引起的，HSV是双链DNA病毒，人类是HSV的优选自然宿主。HSV病毒颗粒直径约15nm，中央为病毒核心，含有病毒基因组DNA，其基因组由两个互相连接的长片段(L)和短片段(S)双股线状DNA组成，L和S两端均有一小段反向重复序列，L和S 又可以正向或反向方式互相连接，因此，HSV基因组可形成4种异构体。HSV两种类型的基因组同源序列约50%，其遗传性较稳定，HSV具有嗜感觉神经节而形成潜伏感染状态的特征，HSV 感染生殖器皮肤黏膜后正常潜伏在骶神经根区。
