由于囊性淋巴管瘤位置比较深，而且患者多为新生儿，对手术的耐受性比较低，颈部手术又容易影响面部外观，为了减少对患者的打击和保持面部外观的完整性，一般选择采用博来霉素内注射治疗囊性淋巴管瘤。
根据疾病的病理特点，局部应用药物抑制囊壁内皮细胞，可对囊肿起到治疗作用。博来霉素是一种抗生素类药物，注入囊腔后可通过抑制淋巴管内皮细胞和化学刺激物使间质纤维化而达到治疗目的。博来霉素局部注射疗法可是囊肿比较好地消退或显著缩小。博来霉素分为水剂和乳剂两种，使用水剂时剂量先配成1mg/ml的浓度，以每次剂量0.2~0.3mg/kg注入淋巴管瘤内，每周1次，3~10次一个疗程。使用乳剂时每次0.6mg/kg，4~6周后重复，总剂量不宜超过5mg/kg。临床表明乳剂效果比水剂要好，副作用较少，注射后1~2周内局部会出现一次性的肿胀，然后逐渐缩小，变为硬结。博来霉素仍然存在一定的副作用，在注射当天或次日会出现发烧38℃左右，偶有腹泻、呕吐等胃肠反应，严重的副作用是肺纤维化。
由于注射疗法对身体伤害较小，而且操作起来比较简便，可避免因手术造成的并发症，所以可作为治疗囊状淋巴管瘤的优选疗法。