感染部位表浅、单个甲感染面积小于30％以及无甲母质受累较轻感染的灰指甲，可单独应用外用抗真菌药物治疗。由于甲的特殊结构，使得大多数药物难于渗透入甲板，无法发挥其抑菌或杀菌活性，因此需长期用药。外用抗真菌药物更多的是作为灰指甲系统治疗的辅助用药。
外用药物主要有外用抗真菌制剂、防腐剂、消毒剂、角质剥脱剂和具有抗菌作用的染料等。单独用于灰指甲的外用药物有8%环吡酮甲涂剂、5%阿莫罗芬甲涂剂和28%噻康唑溶液。另外，1％硝酸眯康唑溶液、1%硝酸益康唑溶液和联苯苄唑甲药盒在治疗上也有一定效果。
外科拔甲复发率高且容易损伤甲母质，目前已不单独应用。化学拔甲是指在甲上外用角质剥脱性药物剥除甲板的过程弍临床常用的角质剥脱剂是尿素软膏，浓度从20％-40％，采用封包，一般浓度越高，剥脱效果越好；同时应用含有水杨酸的软膏可增强甲板剥脱作用。此法对于甲床部位和甲母质的真菌感染治疗效果不佳，为提高疗效需将抗真菌药物与尿素软膏混合。目前有1％联苯苄唑和40%尿素软膏混合制剂、2%布替萘芬和20%尿素软膏混合制剂和2%托萘酯和20%尿素软膏混合制剂。