灰指甲的个体化治疗主要是指要根据病情严重度和甲生长的快慢来制定合理的治疗方法。病情严重度是指受累甲的面积和角化过度的程度，这两个指标直接关系到治疗的成功率和疗程的长短。
灰指甲的治疗标准是新甲比较好地长出，而新甲长出的时间除了与病甲受累面积有关，还与甲生长的速度有关，患者身体状况、年龄、基础代谢率等因素都会影响甲的生长。而患者本身甲生长的快慢决定了新甲长出的速度，也就决定了判断疗效的终时间。
外国的真菌学家总结了影响灰指甲治疗效果的各种因素，设计了一套评估灰指甲病情严重程度的评价体系，称为SCIO体系，包含对病甲的临床分型、病甲的受累深度、病甲的厚度、病甲的部位、患者的年龄等。终根据患者评分的情况来选择临床用药方案和疗程时间。
评分较低的患者病情较轻，可单用甲涂剂如罗美乐和巴特芬，外用3~6个月治疗。评分较高者病情相对较重，应考虑口服抗真菌药物合并外用甲涂剂治疗。介于中间者可口服抗真菌药物人特比萘芬、伊曲康唑或氟康唑治疗。