治疗灰指甲可以说是一项大工程，其一般的治疗过程在2～3个月甚至更长，部分患者医治时间长达到1年。
一般来讲，灰指甲的治疗需遵循如下原则：
（1）单个指/趾甲的甲癣，尤其是没有影响到甲根（甲根是甲近端甲半月后深嵌在皮肤内的部分）即甲板远端2/3的甲癣、甲真菌病。多采用含有有效的透甲药物传递系统，能透过甲板扩散到甲床的外用治疗药。如5%盐酸阿莫罗芬甲搽剂，每周只需用药一次。
（2）多个指/趾甲的甲癣，及已影响到甲根，即甲板近端1/3的甲癣，应采用有效的口服抗真菌药，如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等口服片剂。这些口服药服法各有不同，且都有着这样或那样的不良反应，因此建议必须在专科医生指导下，正确服用，至少需间歇性服药3个月或3个月以上。
鉴于灰指甲的顽固性，在癣病多发的温暖、潮湿地区，要积极治疗手足癣、体癣及股癣，这是预防指，趾甲癣、甲真菌病的佳措施。另外，必须提醒爱美女士的是，如果你准备去接受外观美丽的仿真甲来美甲的话，你应该考虑到是否会对自己原本正常的指甲造成伤害。
注：用药剂量需咨询专业药师或医师。