2013年9月，崔永元发微博对转基因产品提出质疑，之后方舟子发微博称你当然可以选择不吃，但是不要传谣阻碍中国农业技术发展。由此引发双方争论。

　　据方舟子称，经初步整理，发现崔永元自2013年11月15日起先后发表了数十篇微博信息攻击自己，其中使用了以肘子为头目的网络流氓暴力集团、肘子脏，坑蒙拐骗都干过，可它是三无人员脸皮又奇厚、骗子、流氓等大量明显侮辱诽谤的内容，于是他决定提起诉讼。

　　诉讼请求包括，判令崔永元删除上述微博停止侵害，判令在媒体赔礼道歉以消除影响、恢复原告名誉，同时判令赔偿精神抚慰金30万等。方舟子的律师表示，由于有一些证据还在公证，预计将在今日上午拿到手，因此计划今日拿到后再到海淀法院立案庭递交相关材料。

　　昨日下午，崔永元电话始终无人接听，其在自己的微博上对此事做出了回应，称肘子诉状写完了，现在可以有时间整理一下自己造过多少谣、侮辱过多少人、犯过多少次法了。新春伊始，万象更新，你重新做人的机会到了。不得不表扬的是，你终于选择了一次正确地解决问题的方法，早知如此，何必当初。当然我认为你胜诉的几率等于零，还是要鼓励你走正路不走邪路。

　　对话

　　我科普转基因从没拿过资助

　　新京报：你本人会出庭直面崔永元吗？

　　方舟子：我不去，大概10年前出过一次庭，印象不好，感觉庭辩没用，有些人就是想在法庭上骂我，所以我立了一个原则，都交由律师处理。

　　新京报：崔永元称也在做准备，你担心他反诉吗？

　　方舟子：我不知道他要起诉我什么，都是他在辱骂我，而我从来没有这些言论，包括质疑他时我都是心平气和、有根有据地说，比如我质疑崔永元基金时，他作为公益基金的代表理应做出解释，但他却不停骂街。

　　新京报：他也质疑过你的基金有问题。

　　方舟子：当时是我受到肖传国袭击后，一些网友把钱捐给我，我不要，就由律师彭剑设立了一个安保基金，设立之初就明确说了不会公开，一旦公开别人就知道安保怎么做了，捐款的人都是自愿在捐。你要公布这资金，你去找彭剑，找我干什么，我只是受益人。

　　新京报：有人质疑你是受到了资助，才有意推广转基因产品。

　　方舟子：那都是造谣！我科普转基因产品从没有拿什么资助，不管是国内的还是国外的，纯粹是科普作家的责任，我是在替中国国产的转基因产品说话，比如华中农业大学研发的转基因大米，是我国自主知识产权的。

　　新京报：你会愿意在法院组织下，与崔达成和解吗？

　　方舟子：不可能，除非他愿意道歉、赔偿，我想他是不会愿意的。

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