免疫抑制剂可抑制机体异常的免疫反应，是目前治疗重症肌无力的常用药物，以下为临床常用的三种免疫抑制剂。
1.肾上腺皮质激素
重症肌无力是一种自身免疫性疾病，肾上肾皮质激素是治疗自身免疫性疾病的常用药物，目前国内一般采用大剂量冲击疗法，中剂量冲击、小剂量维持疗法两种疗法治疗重症肌无力，有研究证实，肾上腺皮质激素是胸腺细胞凋亡的诱导剂，能在体内、体外诱导胸腺细胞凋亡。
2.硫唑嘌呤
梳唑嘌呤是一种非特异性免疫抑制剂，可抑制DNA、RNA及蛋白质合成，从而抑制基因复制与T细胞活化，起到治疗重症肌无力的作用。适应证：使用肾上腺皮质激素而需减量者;不良反应：中性粒细胞减少症、肝功能异常等。有研究表明，长期应用硫唑嘌呤有增加恶性肿瘤发生的危险。
3.环磷酰胺
环磷酰胺为氮芥与磷酰胺基结合而成的化合物，是临床常用的烷化剂类免疫抑制剂。可用于治疗各种自身免疫性疾病，一般在2个月内症状开始改善，5年后减小剂量维持并长期服用。适应证：只用于其他MG治疗药物无效者或不能耐受者;不良反应：白细胞减少症、脱发、出血性膀胱炎等。
4.环孢菌素A
环孢菌素A主要用于肝、肾以及心脏移植的抗排异反应，可与肾上腺皮质激素同用，也可用于一些免疫性疾病的治疗。不良反应：血清肌酐升高、高血压、流行性感冒样症状等。