临床治疗尖锐湿疣的方法有很多，常用的有以下几种：
（1）手术疗法：对于单发、面积小的湿疣，可手术切除；对巨大尖锐湿疣，可用Mohs手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净
（2）冷冻疗法：利用零下196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落。本法适用于数量少、面积小的湿疣。
（3）激光治疗：通常用C02激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣。本疗法适用女阴、阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2～3次治疗。
（4）电灼治疗：采用高频电针或电刀切除湿疣。本疗法适用于数量少、面积小的湿疣。
（5）微波治疗：采用微波手术治疗机，用辐射探头尖端热辐射凝固，凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
（6）射线治疗：应用射线治疗尖锐湿疣疗效高，有无痛苦、无副损伤、复发率低的优点。
（7）药物疗法：外用或内服抗病毒及除疣药物，应用免疫调节剂和中药等。