尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒(HPV)感染引起的，其发病机制仍不清楚，目前普遍认为其发生、消退、复发及癌变与机体的免疫功能密切相关。与感染者发生性接触，HPV通过皮肤或黏膜的微小损伤进入接触者的皮肤黏膜，病毒进入人体后可潜伏于基底层的角质形成细胞，然后随表皮复制进入细胞核内，刺激表皮基底细胞，发生分裂，使表皮产生增殖性损害。关于HPV感染导致上皮乳头瘤形成的机制，有两种观点，一种是认为基底细胞增生活跃所致，另一种观点认为基底细胞增生速度正常，但因细胞成熟延迟使表皮细胞不能及时成熟角化脱离而导致细胞堆积呈现增生样改变。不少实验研究的结果都支持细胞成熟延迟是主要的致病机制。