尖锐湿疣的药物治疗包括：
①0.5%足叶草毒素酊：足叶草毒素酊可防止上皮细胞核正常纺锤体的聚集，抑制中期有丝分裂，从而导致上皮细胞死亡和脱落。用法：疣体上外涂，每日2次，涂用3天，停4天，为1个疗程，疣体用药面积不超过10cm2，每日总量不超过0.5ml，如有残留疣体可重复治疗，多可用4个疗程，黏膜部位如阴道和直肠不宜应用。0.5％足叶草毒素酊相对便宜、易用、安全、副作用小，调理率可达86%-94％，较受患者欢迎。擦药后，患者仅感局部轻到中等度疼痛及刺激感。另外，此药有致畸作用，孕妇忌用。
②10％-25％足叶草酯酊：足叶草脂酊是从鬼白树中提取的粗制品，含有多种化合物，包括足叶草木脂素类，也有抗有丝分裂作用，常配成10％-25％的苯甲酰酊。
用法：涂少量药物于疣体上，注意保护周围皮肤，2～4小时后洗掉，必要时每周重复1次，每次用药面积不超过10cm2，阴道内损害不超过2cm2。药量不超过0.5ml，用于治疗尿道口，阴道内皮损等涂药干燥后才能松手或取出窥器，恢复正常。涂药过量，涂布范围过大，或药液未干燥即活动均会使药液扩散到邻近部位，导致刺激反应，故强调有经验的医师应用。
③50%三氯醋酸溶液：三氯醋酸是一种腐仙刹．通过凝固蛋白质而破坏疣体，疗效可达81%，本药的黏滞度比水低，用量过多会扩散到附近组织，导致局部刺激反应，故涂药时需少量多次，干燥后患者方可活动，万一涂药过量或药液蔓延到正常组织导致疼痛明显，可用肥皂水或碳酸氢钠中和。
④5%氟尿嘧啶(5-FU)软膏：氟尿嘧啶为氟化嘧啶类药物，1957年作为抗肿瘤药物使用，60年代用于皮肤黏膜部位的癌前期损害和浅表肿瘤，氟尿嘧啶外用穿透病变皮肤的作用甚于正常皮肤。氟尿嘧啶不仅抑制DNA和RNA合成，还具有免疫刺激作用。
氟尿嘧啶消除皮损的效果与皮损炎症反应严重程度成正比，也即是所产生的细胞毒性只选择作用于尖锐湿疣和癌前期病变上皮，清除这些损害，对附近正常组织影响很少。有报道用氟尿嘧啶霜局部外用两组女性外阴可见的尖锐湿疣病例，调理达41%～68％，6个月到1年内的复发率为0~10％。外用氟尿嘧啶(5-FU)已有20多年，未发现致癌作用，但约有1%患者对外用氟尿嘧啶产生变态反应，表现为用药部位的红斑水肿，偶见大疱及糜烂。