尖锐湿疣的致病菌是人类乳头瘤病毒（HPV)，属DNA病毒。病毒颗粒直径为43～55纳米。近年来分子生物学技术研究发展迅速，证实人类乳头瘤病毒有90种以上的抗原型，即这一家族里有90多个相似而又不同的病毒。尖锐湿疣与长在身体上的瘊子，如寻常疣（就是我们平常说的刺瘊）、扁平疣、丝状疣、掌跖疣等，同为感染人类乳头瘤病毒(HPV)引起；但不同类型的HPV能引起不同的疣，如1型主要引起掌跖疣，2型主要引起寻常疣，3型主要引起扁平疣，而引起尖锐湿疣的亚型可达45型，其中主要有6型、11型等。引起尖锐湿疣的不同型别根据其致癌性又分为低危险性型和高危险性型，低危险性型主要有6 型、11型；高危险性型主要有16型、18型、45型、56型。引起尖锐湿疣的病毒HPV在温暖潮湿的环境一中特别易生存增殖，故女性的外生殖器是易感染的部位。
人乳头瘤病毒不仅是人患尖锐湿疣的致病因予，而且与人患肿瘤有关，宫颈鳞癌、外阴和肛周癌组织中常可以检出人乳头瘤病毒的DNA序列，大约90%宫颈癌患者检查人乳头瘤病毒DNA阳性，主要是高危险的16型和18型。