经枕部三叉神经后根切断术适合年龄较轻的三叉神经痛患者，三叉神经所有分支痛，特别是怀疑有脑桥小脑角继发性病变(如肿瘤)者。
手术前准备与颞部入路相同。侧卧位或侧俯卧位，气管内插管，全身麻醉。在枕骨中央凸骨(枕外粗隆)与乳突根部连线中点做垂直切口，从上顶线2厘米处开始向下，到发际边缘，长约8厘米。用甲紫(龙胆紫)标记切口。
沿标记切口线切开直达枕骨，做直径4厘米的骨孔(窗)，上抵横窦、外到乳突后缘。如乳突气房被打开应用骨蜡严密封闭。切开硬脑膜，打开枕大池放出脑脊液，小脑回缩。认清面神经和听神经且采取保护措施。找到灰白色三叉神经感觉根(如岩静脉影响可电凝切断)，在离脑桥0.5～1厘米处，把感觉根外侧2/3切断。