药物治疗是强直性脊柱炎常用治疗方法之一，有较好的疗效。
1.非甾体抗炎药：这类药物可迅速改善患者腰髋背部疼痛和发僵的症状，也可减轻关节疼痛并增加活动范围，是治疗强直性脊柱炎的优选药;吲哚美辛栓剂50mg或100mg塞入肛门，每日1~2次;阿西美辛90mg，每日1次;塞来昔布200mg，每日2次;美洛昔康15mg，每日1次。
2.柳氮磺吡啶：此药可改善患者的关节疼痛、肿胀和发僵的症状，适用于强直性脊柱炎患者的外周关节炎;通常推荐用药量为每日2.0g，分2~3次口服。为了增加患者的耐受性，开始用药量为0.25g，每日3次，以后每周递增0.25g，直至1.0g，每日2次;通常选用一种起效快的抗炎药与其合用，以达到更好治疗效果。
3.甲氨蝶呤：此药对外周关节炎、腰背痛、发僵等症状有一定的治疗效果;7.5~15mg，口服或注射，每周1次。
4.来氟米特：本药对强直性脊柱炎患者的外周关节炎有较好的疗效;通常以10mg/d的剂量使用，病情较重者可加至20mg/d。
5.糖皮质激素：甲泼尼龙15mg/kg/d冲击治疗，连续3天，可暂时缓解疼痛;对其他治疗不能控制的下背痛，可在CT指导下行糖皮质激素骶髂关节注射，疗效可维持3个月左右。
6.沙利度胺：初始剂量为50mg/d，每7~10天递增50mg，至150mg~200mg维持。